bio.wikisort.org - Вирусы

Search / Calendar

Finnlakeviridae (лат.) — семейство ДНК-содержащих бактериофагов неясного систематического положения. По состоянию на 2022 год в семейство входит единственный род Finnlakevirus, представленный единственным видом Flavobacterium phage FLiP. Этот вирус был описан в 2010 году и стал первым известным вирусом с геномом в виде одноцепочечной ДНК (оцДНК), который имеет внутреннюю мембрану. Длина генома Finnlakevirus составляет около 9,2 тысяч нуклеотидов. По геномной последовательности Finnlakevirus не демонстрирует сходства с какими-либо другими описанными вирусами[2].

Finnlakeviridae

Электронная микрофотография вирионов Flavobacterium virus FLiP
Научная классификация
Группа:
Вирусы[1]
Реалм:
Varidnaviria
Семейство:
Finnlakeviridae
Международное научное название
Finnlakeviridae
Группа по Балтимору
II: оцДНК-вирусы

Описание



Капсид


Структура вириона Flavobacterium phage FLiP, определённая с помощью криоэлектронной микроскопии
Структура вириона Flavobacterium phage FLiP, определённая с помощью криоэлектронной микроскопии

Вирион Flavobacterium phage FLiP состоит из икосаэдрического белкового капсида и внутренней оболочки. В вирион заключён геном, представленный кольцевой[en] оцДНК. Диаметр вириона составляет около 59 нм. От вершин, в которых сходятся пять плоскостей, отходят пентамерные[en] шипы длиной около 12 нм. Внутренняя поверхность белкового капсида покрыта липидным бислоем толщиной около 5 нм. Капсид состоит из молекул основного[3] капсидного белка (англ. major capsid protein, MCP). Общая организация капсида напоминает таковую у фага Pseudoalteromonas phage PM2[en], геном которого представлен двухцепочечной ДНК. MCP состоит из двух β-цилиндров, топология которых напоминает укладку jelly roll, далее они объединяются в тримеры[en], формируя псевдогексамерные комплексы. Похожая организация MCP была описана у некоторых представителей царства Bamfordvirae[en], таких как фаг Enterobacteria phage PRD1 из семейства Tectiviridae[en][2].

Вирионы чувствительны к хлороформу, имеют плавучую плотность 1,21 г/л в растворе хлорида цезия и 1,18 г/л в растворе сахарозы[4]. Среди липидов в вирионе преобладают церамиды. Липидный состав внутренней мембраны вириона отличается от такового у клетки бактерии-хозяина, следовательно, в ходе сборки вириона происходит селективный захват липидов из бактериальной клетки[2].


Геном


Организация генома Flavobacterium phage FLiP
Организация генома Flavobacterium phage FLiP

В состав вирионов Flavobacterium phage FLiP входит единственная копия генома длиной 9174 нуклеотида. Геном представлен кольцевой оцДНК и имеет GC-состав 34 %. По последовательности геномов Flavobacterium phage FLiP далёк от всех других известных в данный момент вирусов. В геноме предсказываются 16 кодирующих последовательностей (англ. coding sequences, CDS), расположенных в одной и той же ориентации. Пять CDS, а именно, CDS7–9, 11 и 14, кодируют структурные белки. По последовательности белковый продукт CDS14 напоминает некоторые литические трансгликозилазы, а белок CDS15 близок к белкам, задействованным в репликации по типу катящегося кольца[2].


Жизненный цикл


Flavobacterium phage FLiP является литическим фагом и запускает лизис клетки-хозяина, при котором из неё выходят дочерние вирионы. CDS14, вероятно, кодирует ассоциированный с вирионом литический белок, который участвует в расщеплении пептидогликановой клеточной стенки инфицируемой бактерии. Собственных ДНК- и РНК-полимераз Flavobacterium phage FLiP не кодирует. Сходство белкового продукта CDS15 с белками, участвующими в репликации по типу катящегося кольца, позволяет предположить, что геном Flavobacterium phage FLiP удваивается по этому механизму, который используют многие другие оцДНК-содержащие вирусы. Отсутствие в геноме Flavobacterium phage FLiP генов, кодирующих предполагаемую АТФазу, задействованную в упаковке генома в капсид, свидетельствует, что загрузка генома в вирионы происходит по иному механизму[2].


История изучения


Flavobacterium phage FLiP был выделен в 2010 году вместе с его хозяином, грамотрицательной бактерией Flavobacterium[en] (точнее, Flavobacterium sp. штамм B330.), из прибрежных пресных вод озера Ювясъярви[d] (фин. Jyväsjärvi) в Финляндии[2]. Выделение вируса в отдельное семейство Finnlakeviridae было предложено Международным комитетом по таксономии вирусов в 2019 году[2]. Впоследствии оно было включено в состав реалма[en] Varidnaviria, где является единственным семейством, представители которого имеют геномы в виде оцДНК[5].


Примечания


  1. Таксономия вирусов (англ.) на сайте Международного комитета по таксономии вирусов (ICTV).
  2. Mäntynen S., Laanto E., Sundberg L. R., Poranen M. M., Oksanen H. M., Report Consortium I. ICTV Virus Taxonomy Profile: Finnlakeviridae. (англ.) // The Journal Of General Virology. — 2020. — September (vol. 101, no. 9). — P. 894—895. — doi:10.1099/jgv.0.001488. — PMID 32840474. [исправить]
  3. Богомолова Елена Григорьевна. Создание и характеристика иммуногена на основе белков VP6 и VP8 от ротавируса группы A : диссертация. — СПб., 2019. Архивировано 22 июня 2021 года.
  4. Laanto E., Mäntynen S., De Colibus L., Marjakangas J., Gillum A., Stuart D. I., Ravantti J. J., Huiskonen J. T., Sundberg L.-R. Virus found in a boreal lake links ssDNA and dsDNA viruses (англ.) // Proceedings of the National Academy of Sciences. — 2017. — 17 July (vol. 114, no. 31). — P. 8378—8383. — ISSN 0027-8424. — doi:10.1073/pnas.1703834114. [исправить]
  5. Koonin E. V., Dolja V. V., Krupovic M., Varsani A., Wolf Y. I., Yutin N., Zerbini M., Kuhn J. H. Create a megataxonomic framework, filling all principal taxonomic ranks, for DNA viruses encoding vertical jelly roll-type major capsid proteins (англ.) (docx). International Committee on Taxonomy of Viruses (18 октября 2019). Дата обращения: 10 июня 2020. Архивировано 4 января 2022 года.



Текст в блоке "Читать" взят с сайта "Википедия" и доступен по лицензии Creative Commons Attribution-ShareAlike; в отдельных случаях могут действовать дополнительные условия.

Другой контент может иметь иную лицензию. Перед использованием материалов сайта WikiSort.org внимательно изучите правила лицензирования конкретных элементов наполнения сайта.

2019-2024
WikiSort.org - проект по пересортировке и дополнению контента Википедии