Raoultella est un genre de bacilles Gram négatifs de la famille des Enterobacteriaceae . Son nom fait référence au microbiologiste controversé Didier Raoult, en hommage de la part de son associé Michel Drancourt[1].

Raoultella

Culture de Raoultella planticola, dans une boîte de Petri, sur milieu de culture standard (gélose nutritive)

Classification selon LPSN

Règne	Bacteria
Embranchement	Pseudomonadota
Classe	Gammaproteobacteria
Ordre	Enterobacterales
Famille	Enterobacteriaceae

Genre

Raoultella
Drancourt et al. 2001

Ubiquitaires dans l'environnement naturel, ces bactéries sont également des pathogènes opportunistes ou émergents. Le genre Raoultella est très proche du genre Klebsiella dont il a été séparé en 2001 et sa légitimité reste débattue au sein de la communauté scientifique.

Description

Les bactéries de ce genre sont des bâtonnets gram négatifs, oxydase négatives, catalase positives, aérobies (anaérobies facultatives), non motiles, capsulés[1]. La croissance à 10 °C est une des caractéristiques de ce genre[1].

Dans les infections humaines, les espèces de Raoultella sont généralement sensibles au traitement par les carbapénèmes[2].

Taxonomie

Historique

De nombreuses études ont montré que le genre Klebsiella était polyphylétique[3]^,[4] et de ce fait a subi de nombreuses modifications taxonomiques[5]^,[6]. En 2001, Michel Drancourt, Claude Bollet, Anne Carta et Patricia Rousselier, du laboratoire de bactériologie de l'hôpital de la Timone décrivent le genre Raoultella en y plaçant trois espèces du genre Klebsiella sur des critères phylogénétiques, biochimiques et phénotypiques[1]^,[7]^,[8]. Le nom de ce nouveau genre a été validé en 2001 puis accepté conditionnellement en 2005[9]^,[10] sous réserve d'études de séquençages complémentaires[11]. En 2007, le conseil d'administration de la Taxonomie des Bactéries et Archae a validé la nouvelle combinaison[12] et les banques de cultures bactériennes ont pu commencer à appliquer les nouvelles dénominations.

En 2014, une nouvelle espèce, Raoultella electrica est ajoutée par Kimura et al.[13].

En novembre 2021, après la proposition de Ma et al., la reclassification de R. electrica en Klebsiella electrica est considérée « publiée de manière non valide[14] ». Par ailleurs, au 29 mars 2022, le statut de correct name est conservé uniquement pour le genre Raoultella pour ce qui concerne les 4 espèces de ce genre[7].

Étymologie

Lors de sa description, le genre Raoultella (Ra.oul.tel′la. M.L. dim. suffixe -ella ; M.L. fem. n. Raoultella) a été nommé d'après le bactériologiste français Didier Raoult[7]^,[1].

Phylogénies

En 2001, des analyses phylogénétiques d'espèces du genre Klebsiella, ainsi que d'espèces parmi d'autres genres de la famille des Enterobacteriaceae, et portant sur deux gènes de référence en taxonomie (l'ARNr 16S et rpoB) révèlent que le genre Klebsiella est hétérogène[1]. Ce genre est alors scindé en deux et le genre Raoultella créé, intégrant les espèces K. ornithinolytica, K. planticola, K. trevisanii (synonyme de K. planticola) et K. terrigena[1]. Une autre étude phylogénétique portant sur les gènes gyrA et parC, publiée en parallèle dans le même journal confirme l'hétérogénéité du genre Klebsiella où « les données des séquences supportent la séparation évolutive de K. pneumoniae d'un groupe phylogénétique incluant K. oxytoca, Klebsiella planticola et Klebsiella ornithinolytica[15]. »

En 2005, un séquençage des gènes tuf et atpD sur 96 souches d'entérobactéries d'intérêt clinique représentant 78 espèces de 31 genres confirme la séparation des Klebsiella et des Raoultella en plusieurs clusters distincts[16]. Les auteurs précisent que les Raoultella ont probablement divergé récemment[16]. Ces résultats sont confirmés par une nouvelle phylogénie basée sur l'AFLP[17].

En 2009, une nouvelle étude basée sur le séquençage des gènes de l'ARNr 16S et rpoB incluant l'ensemble des espèces de Klebsiella et de Raoultella connues à cette date confirme « la bifurcation des arbres laquelle confirme la séparation des genres Raoultella et Klebsiella[18]. »

En 2014, une nouvelle analyse phylogénétique basée sur le gène de l'ARNr 16S mais incluant l'ensemble des espèces et tous les genres de la famille des Enterobacteriaceae différencie le genre Raoultella des Klebsiella, et conclut que « [...] Providencia, Raoultella [...] sont regroupées dans un seul cluster (chacune) [...] et donc sont très certainement monophylétiques », alors que « sept genres [...] Escherichia, Klebsiella [...] sont certainement polyphylétiques[5] » avec les Klebsiella séparées en trois groupes[5]^,[19]. Les auteurs de cette étude analysent la polyphylie des Klebsiella en expliquant que lors de sa description « l'assignation taxonomique (de K. michiganensis) semblait robuste mais exposait le problème de ne pas inclure suffisamment d'autres espèces et genres pour s'assurer de l'identité de genre de la nouvelle espèce[5]. » Cette même année, une autre étude phylogénétique des klebsielles montre que R. ornithinolytica est située à proximité de l'arbre phylogénétique de klebsielles, sur une branche proche de K. oxytoca. Dans cette étude, les auteurs concluent que le genre Raoultella devrait être abandonné au profit d'un genre Klebsiella avec une définition large[20].

Le logiciel de diagnostic médical BIBI classe les Raoultella dans un cluster distinct mais à proximité de celui des Klebsiella pneumoniae qui sont elles-mêmes séparées du cluster des Klebsiella oxytoca par celui du genre Klyuvera[21]. La réunification des espèces du genre Raoultella avec Klebsiella est explicitement demandée à nouveau par Ma et al. en juin 2021 (« we propose to reunify Klebsiella and Raoultella to the single genus Klebsiella and reclassify Raoultella electrica as Klebsiella electrica comb. nov. »)[22]. Cependant d'autres analyses phylogénétiques dont celle de la base Genome Taxonomy Database[23], base intégrée avec le Bergey's Manual of Systematic Bacteriology comme faisant autorité pour les génomes bactériens, concluent, dès 2018 et aussi en 2021, au maintien des Raoultella et à la présence de deux groupes génomiques distincts pour les Klebsiella[23]^,[24]^,[22]. Au 29 mars 2022, la proposition n'est pas retenue par l'ICSP, et la base LPSN (qui fait autorité en nomenclature bactérienne) maintient le statut de correct name au genre Raoultella[14].

Liste d'espèces

Les espèces pour ce genre sont :

• Raoultella electrica Kimura et al., 2014 — souche : 1GB^T[13] = NBRC(en) 109676^T = KCTC 32430^T = DSM 102253^T[25]^,[7]^,[26]^,[27]
• Raoultella ornithinolytica (Sakazaki et al., 1989) Drancourt et al., 2001 — souche : ATCC 31898^T[1]^,[7]^,[28]^,[29]^,[30]^,[31]
• Raoultella planticola (Bagley et al., 1982) Drancourt et al., 2001 — souche : ATCC 33531^T[1]^,[7]^,[32]^,[33]^,[34]^,[35]
• Raoultella terrigena (Izard et al., 1981) Drancourt et al., 2001 — souche : ATCC 33257^T[1]^,[7]^,[36]^,[37]^,[38]^,[39]

Habitat

Les Raoultella sont occasionnellement retrouvées dans les muqueuses de mammifères, dont celles de l'Homme, mais les habitats naturels les plus importants sont les plans d'eau, l'eau potable, le sol et les plantes[1]. Ce dernier habitat est d'ailleurs à l'origine du nom de l'espèce Raoultella planticola, dont l'épithète spécifique planticola signifie « habitant des plantes »[32].

Pathogénie

Raoultella planticola peut causer diverses infections, telles que la fasciite nécrosante, la cystite, la cholécystite, la pancréatite, les maladies hépatiques et les infections des tissus mous[40]. Entre 2011 et 2015, au moins quatre cas de conjonctivite causées par Raoultella planticola ont été signalées[41].

Raoultella terrigena est un pathogène opportuniste rare, qui peut provoquer des infections nosocomiales avec un taux de mortalité élevé[42].

L'espèce Raoultella ornithinolytica a été impliquée dans des cas de septicémies néonatale ainsi que chez chez des adultes[43]^,[44].

Annexes

Bibliographie

• Don J. Brenner, Noel R. Krieg, James T. Staley, George M. Garrity, David R. Boone, Paul De Vos, Michael Goodfellow, Fred A. Rainey et Karl-Heinz Schleifer, Bergey's Manual of Systematic Bacteriology, vol. 2 : The Proteobacteria Part A Introductory Essays, Boston, Springer, 2005, 304 p. (ISBN 9780387241432).
• Don J. Brenner, Noel R. Krieg, James T. Staley, George M. Garrity, David R. Boone, Paul De Vos, Michael Goodfellow, Fred A. Rainey et Karl-Heinz Schleifer, Bergey's Manual of Systematic Bacteriology, vol. 2 : Part B The Gammaproteobacteria, Boston, Springer, 2005, 304 p. (ISBN 9780387280226).
• George M. Garrity (éditeur en chef), Timothy G. Lilburn, James R. Cole, Scott H. Harrison, Jean Euzéby et Brian J. Tindall, « Part 5 - The Bacteria: Phylum Proteobacteria, Class Gammaproteobacteria », dans Taxonomic Outline of Bacteria and Archaea, vol. 7, Michigan State University & NamesforLife, 2007, 628 p. (lire en ligne [PDF]), p. 148-245.
• Sophie Octavia et Ruiting Lan, « The Family Enterobacteriaceae », dans The Prokaryotes Gammaproteobacteria, Springer, 2014, p. 225-286.
• François Denis, Marie-Cécile Ploy, Christian Martin et Vincent Cattoir (ill. Carole Fumat), Bactériologie médicale : techniques usuelles, Issy-les-Moulineaux, Elsevier Masson, 2016, 3^e éd., 575 p. (ISBN 9782294746161).

Articles connexes

• Klebsiella
• Nomenclature bactérienne
• Genome Taxonomy Database (GTDB)

Liens externes

• Ressources relatives au vivant :
  • Global Biodiversity Information Facility
  • (en) Interim Register of Marine and Nonmarine Genera
  • (en) List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature
  • (en + en) New Zealand Organisms Register
  • (en) Système d'information taxonomique intégré

Notes et références

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