Les Azhdarchoidea sont définis comme le groupe phylogénétique regroupant tous les descendants du dernier ancêtre commun des genres Quetzalcoatlus et Tapejara[3].
La phylogénie des Azhdarchoidea est encore très débattue comme en témoignent deux études publiées en 2014.
Andres, Clark & Xu proposent un cladogramme avec les Tapejaromorpha en position basale, séparés des Neoazhdarchia qui regroupent tous les autres Azhdarchoidea:
L'analyse phylogénique réalisée la même année par Vidovic et Martill montre des conclusions très différentes. Les Tapejaromorpha deviennent un groupe frère des Azhdarchidae à l'intérieur des Azhdarchoidea, qui ne sont plus qu'un sous-groupe mineur au sein des Dsungaripteroidea[4]:
(en) D. M. Unwin, 1992, The phylogeny of the Pterosauria - Journal of Vertebrate Paleontology
(en) D. M. Unwin et D. M. Martill. 2007. Pterosaurs of the Crato Formation. In D. M. Martill, G. Bechly, R. F. Loveridge (eds.), The Crato Fossil Beds of Brazil: Window into an Ancient World, Cambridge, Cambridge University Press, p.475-524
(en) Unwin, D. M., (2003). "On the phylogeny and evolutionary history of pterosaurs." p.139-190 in Buffetaut, E. & Mazin, J.-M., (eds.) (2003). Evolution and Palaeobiology of Pterosaurs. Geological Society of London, Special Publications 217, London, p.1-347.
(en) S. U. Vidovic et D. M. Martill, «Pterodactylus scolopaciceps Meyer, 1860 (Pterosauria, Pterodactyloidea) from the Upper Jurassic of Bavaria, Germany: The Problem of Cryptic Pterosaur Taxa in Early Ontogeny», PLoS ONE, vol.9, no10, , e110646 (DOI10.1371/journal.pone.0110646)
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